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A proteinase K é útil para a inativação proteolítica de nucleases durante o isolamento de DNA e RNA. É também útil na remoção de endotoxinas ligadas a proteínas catiónicas tais como lisozima e ribonuclease A.
É relatado que é útil para o isolamento de mitocôndrias de fígado, levedura e feijão mungo.
É útil na determinação da localização de enzimas nas membranas.
É também utilizado no tratamento de secções de tecido embebidas em parafina para expor os locais de ligação ao antigénio para a marcação de anticorpos.
A proteinase K é usada na digestão de proteínas de amostras de tecido cerebral para priões na pesquisa de Encefalopatia Espongiforme Transmissível (

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